COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 7.881539 9.659186 9.696964
2021-05-10 17:00:00 11.057420 9.659440 9.881075
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 10.157353
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.290288
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.500880
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 10.704888
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 10.918777

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.323672
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.490627 7.152278
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.333742
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 7.603555
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 7.766116
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 8.020102
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 8.215343

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 15.342937
2021-05-10 17:00:00 11.428571 3.889789 14.935228
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 14.841519
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 15.586717
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 16.213944
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 16.771020
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 17.352493

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 10.449429
2021-05-10 17:00:00 10.325753 18.561770 10.159099
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 9.982136
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 9.894228
2021-05-07 17:00:00 12.704687 8.667420 9.880241
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.954234
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 10.119174

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.611342
2021-05-10 17:00:00 16.365845 8.735315 8.485059
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.626741
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.753275
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 8.961547
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.188787
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.376349

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.474407
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.738731
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.339840
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.390108
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 21.118130
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.356810
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.411369

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 5.617292
2021-05-10 17:00:00 6.859206 14.440433 5.694246
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 5.656511
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 5.761110
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.947630
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 6.320987
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 6.492373

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.836669
2021-05-10 17:00:00 9.832273 3.915246 4.891334
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 4.940812
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 5.002569
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.090472
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.143075
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.212523

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 7.700408
2021-05-10 17:00:00 6.082949 7.649723 7.653404
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 7.874443
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 8.018040
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.313512
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 8.610846
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 8.938366

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 6.343584 11.717115 9.774330
2021-05-10 17:00:00 7.593123 7.593123 9.372445
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 9.375104
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 9.405275
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.498706
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.663805
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 9.874998

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 6.687334 6.687334 10.405945
2021-05-10 17:00:00 10.654206 11.071745 10.491775
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.575065
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.517091
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.687469
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.793623
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 10.870616

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.084330
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.421941 3.279851
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 3.498865
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 3.700116
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 3.906873
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 4.167380
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.808325 4.365636

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 8.606838
2021-05-10 17:00:00 1.568627 24.313725 8.882698
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 8.798291
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 8.606744
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.318173
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 8.096410
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 7.787658

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 11.127532
2021-05-10 17:00:00 9.677419 47.580645 10.849304
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 10.932652
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 11.246755
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 11.887362
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 12.551433
2021-05-05 17:00:00 2.505967 13.876652 13.539369

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.559763
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.297810 10.372867
2021-05-09 17:00:00 13.665743 13.665743 10.458994
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.572033
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 10.836447
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 11.158607
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 11.586447

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 28.755477
2021-05-10 17:00:00 23.568702 27.324121 29.381948
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 29.378945
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 30.093029
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 30.645718
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 31.348028
2021-05-05 17:00:00 22.488957 35.815874 31.797024

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 4.529664
2021-05-10 17:00:00 3.125000 3.125000 4.391808
2021-05-09 17:00:00 2.930005 2.930005 4.388051
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.451563
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.663102
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.799642
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 5.033226

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 8.352018 8.352018 8.550285
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 8.695207
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 8.751041
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 8.904685
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 9.029941
2021-05-06 17:00:00 10.596844 7.502424 9.181339
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.353138

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 5.254116 9.942734 8.827065
2021-05-10 17:00:00 11.646489 11.646489 8.638076
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 8.723274
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 8.689325
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.690810
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.749097
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 8.808875

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 13.333487
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.595420 13.212017
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 13.092825
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.736970
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 12.575922
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 12.386768
2021-05-05 17:00:00 13.617464 13.617464 12.198880

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 12.628478
2021-05-10 17:00:00 35.849057 8.675799 12.918158
2021-05-09 17:00:00 3.652968 3.652968 13.362360
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 14.401820
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 15.171525
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 16.294773
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 17.075665

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 14.800954
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.627053
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.683051
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 15.092349
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 15.463836
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 16.043688
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 16.671272

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.256154 5.256154 7.323672
Basilicata 12.965964 12.965964 15.342937
Calabria 8.652793 8.652793 10.449429
Campania 9.197976 9.197976 8.611342
Emilia-Romagna 18.088060 18.088060 19.474407
Friuli Venezia Giulia 4.464286 4.464286 5.617292
Lazio 4.130081 4.130081 4.836669
Liguria 6.441872 6.441872 7.700408
Lombardia 6.343584 11.717115 9.774330
Marche 6.687334 6.687334 10.405945
Molise 1.336898 1.336898 3.084330
P.A. Bolzano 5.638298 5.638298 8.606838
P.A. Trento 8.764940 8.764940 11.127532
Piemonte 8.982849 8.982849 10.559763
Puglia 20.387481 20.387481 28.755477
Sardegna 3.896714 3.896714 4.529664
Sicilia 8.352018 8.352018 8.550285
Toscana 5.254116 9.942734 8.827065
Umbria 13.571429 13.571429 13.333487
Valle d'Aosta 9.871245 9.871245 12.628478
Veneto 13.318429 13.318429 14.800954

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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